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燕窝果的致病菌大部分都能在土壤中存活5年左右，有的甚至可以存活10年之久，这些病菌便是燕窝果病害的最初病源。所以在种植的时候可以套种一些能够分泌杀菌物质的作物，比如葱、蒜等，同时要注意不要种植与燕窝果有相似病害的作物。
保证燕窝果的营养充足。燕窝果营养不足会使植株弱小，不能抵抗病菌的侵袭，所以要注意为燕窝果施足基肥，最好选择充分腐熟的羊粪、牛粪，钙肥、硫基复合肥，并适时的进行追肥，每亩滴灌或冲施嘉美海力宝1公斤左右，或嘉美赢利来2公斤左右，以提高植株的抗病抗虫性。
还要避免植株过于繁密，使植株能够拥有一个通风、透光的环境，减少细菌的繁殖和传播。在浇灌上避免大水漫灌，最好采取滴灌，在田间操作时避免造成大量伤口，导致植株过早衰弱，抗病力抗逆性下降。
燕窝果病害的主要诱因就是病菌，所以要注意保持田园的整洁卫生，定期清除杂草，检查燕窝果的生长状态，及时处理病株和病茎，防止疾病蔓延。由于燕窝果是使用剪刀修剪，所以要定期对刀具进行消毒杀菌，避免长期使用同一个刀具，病菌交叉传染。
定期防治病虫害，用阿维哒螨灵+嘉美红利+甲霜恶霉灵，或亮盾+嘉美红利+加瑞农淋根灌根，同时叶面交替喷施吡虫啉/啶虫脒+嘉美红利+高效氯氟氰菊酯+吡唑醚菌酯；或噻虫嗪+嘉美脑白金+高效氯氟氰菊酯+苯醚甲环唑等药剂交替防治。
根结线虫主要危害燕窝果根部，表现为侧根和须根较正常增多，并在幼根的须根上形成球形或圆锥形大小不等的白色根瘤，有的呈念珠状，地上部植株生长矮小，缓慢，茎色异常，结果少，严重的植株提前死亡。
根螨虫咬食火龙果主根系，并在根系内产卵，造成根系粗大，部分符合侵染根腐病，呈褐色病变，造成地上部营养吸收受阻，植株黄化干瘪，失去挂果能力等问题。
1、加强水肥管理，每亩滴灌或冲施嘉美红利1袋，或嘉美脑白金1袋，同时叶面喷施1000倍液嘉美脑白金，及时防除田间杂草，提高火龙果对根结线、实行与大葱、大蒜间作，在火龙果行间，间作大葱、蒜苗，让其长期保留，可明显减轻根结线、线虫在酸性土壤中严重发生，对于酸性土壤可以用石灰进行调节，把土壤尽量调到中性范围内。
4、切断人为传播途径，禁止大水漫灌，最好滴灌，对处理过病苗的农具及时进行消毒处理。
5、移栽缓苗期或发生前期用嘉美红利300克+25颗樟脑丸(用高浓度白酒溶解)兑水800斤淋根灌根，连续2-3次，对线、线虫发生严重的地块，可用噻唑磷+乙蒜素+嘉美红利1000倍液进行淋根灌根2-3次，效果不错。
7、根螨发生严重的地块，阿维哒螨灵+毒死蜱+嘉美红利1000倍淋根灌根2-3次，效果不错。
1、燕窝果溃疡病多和细菌性软腐病、疮痂病、真菌性炭疽病混发，在高温高湿条件下，受冻害后容易发病，主要危害火龙果的幼嫩部位，病菌随风、雨水、病残枝传播。枝条上的病斑很容易控制，重点是果实上的病斑不能治愈，危害极大。
2、枝条受冻，土壤中水分过多、排水不及时，杂草多，虫害的啃咬都会加重溃疡病的发生。雨后天晴及时用保护性杀菌剂甲基托布津+嘉美红利+吡虫啉，或多菌灵+嘉美红利+高效氯氰菌酯，增强植株抗病能力，喷洒的部位要均匀。
3、发病初期可交替喷施百泰+嘉美红利+春雷霉素，或阿米妙收+嘉美红利+噻唑锌等药剂。发病严重的病枝病果一定带出园区销毁。
可用苯甲氟酰胺（健攻）+嘉美红利+春雷霉素，或吡唑醚菌酯+嘉美红利+腐霉利+中生菌素，或双胍咪鲜胺+嘉美红利+春雷王铜等药剂交替喷淋防治。
5、建议果实及早套袋，提前用阿克泰+嘉美红利+亮盾淋根灌根预防蓟马、蚜虫及根部病害，避免因虫口伤果实大面积感染溃疡病，引起花皮果影响销售。